ŠUMSKA STANIŠTA I ŠIKARE
Šume Velebita, izuzetno raznolike, obuhvaćaju više šumskih zajednica, uključujući Ilirske bukove šume (AremonioFagion) (91K0). Posebno su vrijedne bukove šume prašumskog tipa, bogate mrtvim drvom koje pogoduje kukcima hraniteljima mrtve mase i gljivama. Na području Velebita raste i reliktna vrsta, tisa (Taxus baccata), prepoznatljiva po sporom rastu i dugovječnosti. Tisa raste pojedinačno ili u skupinama, u sjenovitim šumama na vapnencu i stijenama do 1500 m. Zbog sporog obnavljanja, zaštićena je kao ugrožena vrsta. Šume hrasta kitnjaka i običnog graba čine Ilirske hrastovo-grabove šume (Erythronio-Carpinion) (91L0), koje rastu na visinama od 450 do 800 m i bogatije su vrstama nego srednjoeuropske šume. Crnogorične šume crnog bora (9530*), specifične za dolomitne podloge Velebita, uključuju crni bor (Pinus nigra ssp. nigra) i dalmatinski crni bor (P. nigra ssp. dalmatica). Ove šume podložne su požarima i sukcesiji, prelazeći u listopadne šume. Reliktne šume crnog bora s pustenastom dunjaricom (Cotoneastro-Pinetum nigrae) nalaze se na dolomitu i vapnencu, ali na ograničenim lokacijama. Pretplaninske i planinske šume smreke (Vaccinio-Piceetea) (9410) sadrže smreku (Picea abies) i borovnicu (Vaccinium sp.), gradeći acidofilne crnogorične šume. U nižim zonama dominira srednjoeuropska vegetacija, dok u pretplaninskom pojasu prevladava borealna zona. Šume na cretovima (91D0*), prioritetni ciljni tip, nalaze se na tresetištima s visokim i hranjivo siromašnim vodostajem, podržavajući specifične biljne vrste. Mediteranske borovice (5210), uključujući oštroigličastu i feničku borovicu, razvijaju se na napuštenim travnjacima, često zadržavajući status trajnog vegetacijskog stadija bez sukcesije prema šumi. Planinske i borealne vrištine (4060) nastale su napuštanjem planinskih travnjaka. Ove šikare sadrže niske grmove do 40 cm visine te su povoljno stanište hrvatske žutike (Berberis croatica), rijetkog endema i relikta. Posebnu vrijednost imaju šikare klekovine bora krivulja (Pinus mugo) s dlakavim pjenišnikom (Rhododendron hirsutum) (4070*), koje čine posljednji šumski pojas u visinskoj vegetaciji. Smještene na nepristupačnim terenima, ove šume gotovo su netaknute ljudskim djelovanjem, a zbog fragmentacije teže ih je istraživati i kartirati.
TRAVNJAČKA STANIŠTA
Rudine na području Parka prirodno su razvijene u vršnom dijelu, zbog klimatskih i edafskih uvjeta na izloženim grebenima, dok se fragmentirane površine nalaze duž cijelog Parka. Ciljni stanišni tip Planinski i pretplaninski vapnenački travnjaci (6170) obuhvaća zajednice iznad šumskog pojasa klekovine bora krivulja. Jak vjetar zimi odnosi snijeg, čineći staništa otpornima na vegetacijsku sukcesiju. Rudine nižih nadmorskih visina nastale su antropogenim utjecajem, tj. krčenjem šuma radi pašnjaka i livada. Planinski kotrljan (Eryngium alpinum), biljka važna za genetsku raznolikost, širi se ispašom i košnjom. Žuta sirištara (Gentiana lutea ssp. symphyandra), endem dinarskih planina, ugrožena je zbog prekomjernog sakupljanja. Suhi travnjaci, prioritetni tip (6210), bogati su vrstama kaćuna, prilagođenima nepovoljnim uvjetima. Brdski travnjaci od 300 do 800 m dom su ugroženog hrvatskog karanfila (Dianthus giganteus ssp. croaticus). Ciljni stanišni tip Europske suhe vrištine (4030) nalazimo uz Ričicu, Štikadu i kod Brušana. Travnjaci tvrdače (6230) su prioritetni tip, bogat vrstama, ali degradiran ispašom. Istočno submediteranski suhi travnjaci (62A0) važni su za modru sasu (Pulsatilla vulgaris ssp. grandis). U blizini Rizvanuše i Papuče nalaze se Travnjaci beskoljenke (6410), nastali na vlažnom tlu i održavani košnjom. Cretovi, mokra travnjačka staništa siromašna hranjivim tvarima, karakteriziraju rijetke biljne vrste. Tresetni slojevi nastaju sporom razgradnjom biljne tvari. Prijelazni cretovi (7140) nalaze se uz potok Ljubicu. Bazofilni cretovi (7230) dom su ugroženih biljaka poput čaškaste baluške (Tofieldia calyculata). Vlažni travnjaci pružaju stanište rijetkim vrstama poput stisnute trešnice (Blysmus compressus). Šumski rubovi važni su za danju medonjicu (Euplagia quadripunctaria), dok velike šumarice (Anemone sylvestris) nalazimo na šikarama i suhim travnjacima. Dinarski endem, nježna kockavica (Fritillaria messanensis ssp. gracilis), raste na visinama do 1600 m.
STJENOVITA I PODZEMNA STANIŠTA
Stjenovita staništa Velebita obuhvaćaju pukotine stijena i točila, karakterizirana ograničenom količinom zemlje i vode. Biljke su prilagođene ekstremnim uvjetima te su mnoga staništa dom endemičnim vrstama. Karbonatna točila Thlaspietea rotundifolii razvijaju se u hladnoj klimi planinskog pojasa, a na njima raste dinarski endem Skopolijeva gušarka (Arabis scopoliana), koja uspijeva i na pašnjacima uz pomoć tradicionalnog pašarenja i košnje. Kitajbelov pakujac (Aquilegia kitaibelii) zauzima pukotine vapnenačkih stijena, dok dinarski rožac (Cerastium dinaricum) nastanjuje južne dijelove Velebita, osobito u zajednici Bunio-Iberetum pruitii. Na južnom Velebitu raste i velebitska degenija (Degenia velebitica*), strogo zaštićena i prioritetna vrsta, dok karbonatne stijene s hazmofitskom vegetacijom (8210) objedinjuju zajednice širom Hrvatske i čine 15% površine ovog staništa u RH. Krški runolist (Leontopodium alpinum ssp. krasense) i hrvatska sibireja (Sibiraea altaiensis spp. croatica) strogo su zaštićene, dok je osmerolatični drijas (Dryas octopetala) reliktna i ljekovita vrsta. Prozorska zvončika (Campanula fenestrellata) i Kitajbelov jaglac (Primula kitaibeliana) endemične su i rijetke. U špiljama i jamama Parka, ciljnim staništima, žive endemični oblici podzemne faune. Park obuhvaća 31 objekt ovog tipa, ključan za očuvanje globalne bioraznolikosti.
VODENA STANIŠTA
Vodeni tokovi uključuju rijeke, potoke, izvore, vodopade i termalna vrela te obuhvaćaju prirodne i poluprirodne zajednice. Na području Parka posebno se ističu rijeke Zrmanja i Ričica, staništa ciljnog tipa Vodeni tokovi s vegetacijom Ranunculion fluitantis i Callitricho-Batrachion (3260), s biljkama poput riječnog žabnjaka (Ranunculus fluitans) i žabovlatke (Calitriche sp.). Kritično ugrožena vrsta resasti šilj (Fimbristylis bisumbellata) raste na poplavnim sprudovima uz Zrmanju, gdje su zabilježene male populacije radi nestanka staništa. Sedrene barijere, stanišni tip 32A0, grade alge i mahovine taloženjem vapnenca u rijekama poput Zrmanje i Krupe, stvarajući slojeve sedre nad kojima se formiraju proširena ujezerenja. Nastanak sedre ovisi o očuvanom protoku vode i prirodnoj hidromorfologiji. Prirodne eutrofne vode (3150) s Hydrocharition i Magnopotamion vegetacijom zabilježene su na Ričici, dok su lokve, poput Mile Vode, značajne zbog vlažnih staništa. Za ove lokve vezana je osjetljiva vrsta jantarni strijelac (Sympetrum flaveolum), koja se razmnožava u plitkim stajaćicama s obiljem vegetacije, a odrasle jedinke često borave na sunčanim livadama blizu vodenih staništa. MORSKA STANIŠTA Ciljni stanišni tip Pješčana dna trajno prekrivena morem (1110) prisutan je u uvalama Sv. Juraj i Vrulja u Velebitskom kanalu. Obuhvaća sva pješčana dna prekrivena morem, izdignuta, izdužena ili nepravilna, do 20 m dubine. Sediment čini pijesak, ali mogu se naći i valutice te sitne čestice mulja. Ciljni stanišni tip Grebeni (1170) pokriva staništa na čvrstim podlogama od površine mora do batijala, uključujući vrulje kao krški fenomen. Vrulje su izbijanja slatke vode pod morem, nastale uz kršku obalu zbog promjena razine mora. Na Planom obuhvaćenom području prisutne su uvale poput Sv. Jurja, Ivanče, Malina, Zavratnice i Modriča. U Vrulji Plantaža, na 60 m dubine, nalazi se naselje dagnji, što je najdublji nalaz ove vrste u Jadranu. Sastavni dio ekosustava su i sitaste vrulje, gdje voda izlazi kroz male otvore, često u pješčanim lagunama, obuhvaćenim prioritetnim stanišnim tipom Obalne lagune (1150*). Lagune su plitka obalna proširenja varijabilnog saliniteta, povezana s morskim i kopnenim staništima. Na području Plana nalaze se u uvalama Sv. Juraj, Ivanča, Malin i Modrič. Stanišni tip Velike plitke uvale i zaljevi (1160) važan je za mrijest riba i ptice te povezan s obalnim staništima, prisutan u uvalama poput Ivanče, Zavratnice i Jurišnice. Preplavljene morske špilje (8330), karakteristične za krška područja, uključuju Markovu jamu u Selinama, jedno od preko 200 poznatih podmorskih staništa duž Jadrana, važnih zbog specifičnih uvjeta i osjetljivosti.